Il campanile è una massiccia costruzione a base quadrata, eretta in forme goticheggianti, la cui data di erezione ci è ignota. In base ad analisi di tipo strettamente architettonico, tradizionalmente la sua costruzione è fatta risalire verso il Mille ad opera dei Maestri Comacini.
I materiali d’archivio fanno invece pensare ad una costruzione risalente alla prima metà del XV secolo, in quanto sappiamo che il campanile originale andò distrutto in un incendio seguito ad operazioni belliche ed i materiali dell’antica torre furono reimpiegati nella nuova costruzione.
Nel 1830 fu distrutta la trifora oggi posta all’altezza dell’orologio ed inoltre fu abbattuta la guglia in laterizio per dare spazio ai quattro grandi archi che ancora oggi ospitano le campane.
Malgrado i pesanti rimaneggiamenti subiti che ne hanno trasformato la fisionomia, il campanile di Desio è una costruzione degna di nota ed è l’edificio più antico della città.